Le chiffre de l'amiral anglais Francis Beaufort (1774-1857) est une variante du chiffre de Vigenère. Il utilise en fait le carré de Vigenère d'une autre manière. Au lieu d'additionner la clef au message clair, Beaufort soustrait le message clair de la clef. Cela signifie que le tableau se décale vers la droite au lieu de la gauche et que la clé est situé sur l'axe horizontal du tableau par rapport au chiffre de Vigenère.Plus la clé est longue et le nombre de lettres différentes est grand, plus le codage est efficace. Une clé de longueur 1 correspond au chiffrement de César.

Le plus simple est de prendre un exemple. Prenons la phrase "Ceci est un essai de chiffrement" avec la clé "CODE". On commence par supprimer les espaces, notre phrase devient "Ceciestunessaidechiffrement". Tous les lettres sont converties en majuscules, la phrase devient "CECIESTUNESSAIDECHIFFREMENT". Maintenant, nous superposons la clé au dessus de la phrase en la répétant autant de fois nécessaire pour couvrir l'ensemble de la phrase comme suit.

Pour coder une lettre il suffit de retenir la lettre du tableau qui correspond à l'intersection de la lettre du message et de la lettre de la clé lui correspondant. La lettre de la clé sert à choisir la colonne du tableau tandis que celle du message permet de choisir la ligne du tableau. Ainsi pour la deuxième lettre du message, nous devons remplacer la lettre E par l'intersection de la colonne E et de la ligne 0 soit S. Pour crypter le message, il suffit de répéter cette opération pour chaque lettre. Nous obtenons: